Ich habe eine wmv Datei die 2 Videostreams enthält (ähnlich wie es bei anderen videos 2 Audiostreams gibt), es handelt sich hierbei um die zwei Perspektiven eines 3D Films. Da mein TV aber nur side-by-side unterstützt möchte ich die beiden Spuren irgendwie herausholen.

Wie ich die beiden Videos dann in einen side-by-side clip bekomme weis ich schon.

Alle Tools die ich bisher ausprobiert habe lesen entweder keine WMV Dateien oder tun so als hätte das Video nur eine Video-Spur bzw haben keine Möglichkeit die andere auszuwählen.

VLC öffnet 2 Videofenster und spielt darin jeweils einen Stream ab.
Der Stereoscopic Player von 3dtv spielt die Datei wie erwartet ab.

Ich weiss es zwar auch anhieb jetz auch nicht genau wie es geht aber ich würde es mit AviSynth probieren. Falls du das nicht kennst: Das ist ein Frameserver mit eingebauter Scriptsprache für Videos.
Ein Frameserver ist ein Programm, was auf der einen Seite ein Video aus verschiedenen Quellen nimmt und an der anderen Seite als Standard-AVI-Videostrom ausgibt. Diesen Avi-Datenstrom kann dann z.b: Virtualdub normal verarbeiten als ob es eine normale Datei wäre. Das ganze in Echtzeit.

Was als Video-Quelle genommen wird bestimmt das Script.

Es müsste auch script-Befehle geben, mit denen du jede einzelne Spur anwählst. Dann könntest du die nach einander mit VirtualDub als AVI abspeichern.

Wie gesagt: ob das wirklich für deinen Zweck geeignet ist weiss ich nicht aber ich nehme es mal an. Auf jeden FAll kann AviSynth WMV lesen. Es ist natürlich ein wenig Einarbeitung notwendig abe die Tutorials sind eigentlich ganz brauchbar

Ich würde auch ffmpeg versuchen. Das Teil frisst doch so ziemlich alles.